Được thành lập từ 9/1993 theo quyết định số của UBND thị xã Bắc Ninh (Lúc ấy vẫn còn là thị xã). Trường được mang tên "
Trường phổ thông năng khiếu Bắc Ninh". Trường có mô hình trường chuyên từ lớp 5 đến lớp 12 (nhưng năm đầu chỉ có đến lớp 10) được sắp xếp như sau:
Khối 5: 2 lớp: Chuyên Văn do cô giáo Nguyễn Thị Hồng phụ trách và lớp chuyên Toán do cô giáo Nguyễn Thị lan phụ trách.
Từ khối 6 đến khối 10: Mỗi khối có 3 lớp Văn, Toán và Tiếng Anh.
Do đặc thù trường chuyên, phòng học nhỏ chỉ thiết kế cho 20->
25 học sinh/ lớp. Lúc đó, học sinh có học bổng trả theo từng tháng trong
năm học căn cứ vào kết quả của từng em. Phải nói là từ khi mới thành
lập, trường đã từng bước khẳng định vai trò của một mô hình mới trường
chuyên, lớp chọn. Các thầy cô giáo được tuyển chọn từ các trường trong
toàn thị xã, những thầy cô dạy có tiếng, là những cây đa, cây đề trong
làng giáo dục như: Thầy Quýnh, thầy Cảnh, thầy Tiến, thầy Kính, thầy
Thuần, cô Tiền, cô Tuệ, cô Tỵ - Nhũng thầy cô từ thời tôi còn là những
học sinh cấp 3 giờ vinh dự được là đồng nghiệp cùng trường.
Các thế hệ học sinh đều nỗ lực học tập giành được kết quả cao nhất trong các kì thi học sinh giỏi cấp Tỉnh và Quốc gia.
Gần bốn năm sau, năm 1997 trùng với sự kiện tỉnh Hà Bắc tách
thành 2 tỉnh: Bắc Ninh và Bắc Giang. Trường phổ thông năng khiếu Bắc
Ninh cũng tách thành 2 trường: Cấp 3 sau nhiều tên gọi và giờ ổn định
với cái tên "Trường THPT Nắng khiêu Bắc Ninh", còn cấp 2 mang tên
"Trường THCS Nguyễn Đăng Đạo". Từ đó đến nay, trường luôn xứng đáng với
danh nhân hai lần được phong trạng nguyên, xứng đáng với sự tin cậy của
đông đảo phụ huynh trong toàn Thành phố.